根の中の治療に際して、 以下のようなことが起こる可能性があります。

◎術後に、歯が浮いたような感覚や痛みが、一時的に出ることがあります。

◎掃除をする細かい器具が、まれに破折することがあります。

◎お薬が出たときは、指示通りに服用してください。

◎被せ物が入るまでは治療中の歯で噛まないでください。

◎一度、神経を取った歯は将来的に再治療や予後不良になる場合があります。
（具体的には、神経（血管）を歯の内部から除去することにより
歯への栄養供給が遮断されるために、根の先の再感染・脆弱になるために
根が折れたりすることがあります。）
 
◎感染根管治療対象歯は、再治療を行なっても感染の再発や、症状の改善ができないこともあります。場合によっては保存不能（抜歯）になることもあります。
 
◎過去に他院で根管治療を行なった歯は、人工物を除去して内部の確認と経過観察を行わないと歯根の状態が確認できないことがあります。
また、不適切な根管充填の場合は治療が出来ないこともあります。

◎以前装着した土台が極めて大きい（長い）ものは除去ができず、再根管治療が不可能な場合があります。
また、その土台や咬合圧（噛み合わせの力）により装着後に時間の経過とともに歯根に破折（ダメージ）が起こることもあります。

◎一度、神経を取った歯の再治療は以前の処置の内容や土台の負担などによりレントゲンなどでは確認できない根の微細なヒビや割れ、確認が困難な副根管、物理的に器具が入らない湾曲根管などの存在により治療成績が期待できない場合があります

◎小児（乳歯）の場合は、通常の生え変わりの時期より早く抜歯になる場合があります。
（早期根吸収が殆どです。極端に早く抜けてしまった場合矯正治療が必要な場合があります）

◎治りが悪い場合は、抜歯または専門医での治療が必要になることがあります。